A partire dai lavori di confronto delle diverse teorie psicoanalitiche coi contributi delle altre scienze della mente, l’autore ha progressivamente delineato la sua Teoria del Protomentale: questa si è sviluppata in uno studio più generale su come vengano a strutturarsi progressivamente le varie capacità funzionali che constatiamo nello sviluppo psichico fetale e neonatale (vedi area 7). Nelle fasi precoci della vita si constata con evidenza come tale sviluppo avvenga per apprendimenti modulati dalla relazione col care-giver. Il continuato scambio di comunicazioni non verbali, inconsapevoli, che avviene tra madre e neonato, costituisce un dialogo che struttura la mente del bimbo, in senso ottimale nella misura in cui è effettivo dialogo operato da buone capacità di rêverie della madre, piuttosto che uno pseudodialogo con effetti negativi. Questa modulazione relazionale di ogni apprendimento si continua, con meno evidenza, lungo tutta la vita: in tal modo si costruisce l’intera struttura mentale di un individuo. Le tracce mnestiche di tutti questi apprendimenti, per altro in continue modificazioni, strutturano corrispondenti strutture neurali che costituiscono memoria funzionale, per lo più implicita di quell’individuo. Di rilievo sono tutte le funzioni, e le strutture, che furono dette affettive. Così il cervello impara a funzionare.